جمجمه کیدین هوتران پادشاه دوره عیلام نو در حدود سه هزار سال پیش که همراه با گنجینه ارجان در بهبهان کشف شده، در این موزه قابل دیدن است.
بخش اسناد و نسخ خطی دربرگیرنده مضمون‌های طب سنتی، مفردات، مرکبات، تشریح، بیماری‌ها، نسخه‌ها و اسناد پزشکی متعلق به نخستین اداره‌های بهداشت در ایران است.
بخش مردم شناسی پزشکی از موزه، ابزار آلات و شیوه‌های درمانی متداول سنتی در ایران مانند حجامت، زالو درمانی و مراسم درمانی به نمایش گذاشته شده است.
یکی از این ابزار آلات شاخ حجامت یا دیپلم چهارخانه طبابت مدرسه دارالفنون است.
بخش‌های تخصصی این موزه شامل دامپزشکی، دندان پزشکی و چشم پزشکی است که سیر دگرگونی علوم پزشکی نوین در ایران را به نمایش درآورده است. از جمله آثار این بخش فرز دندان پزشکی مربوط به دوره مدرن و ورد استادان جدید به ایران و عینک تعیین نمره چشم است که پرفسور شمس بنیان گذار چشم پزشکی نوین در ایران آن را به موزه هدیه داده است.
دواخانه نظامی هم با پیشینه‌ای صد و پنجاه ساله از قدیمی ترین داروخانه‌ها در ایران است که بیانگر تاریخ دگرگونی داروسازی سنتی در ایران است. تجهیزات کامل یک دواخانه قدیمی مانند شیشه‌های داروسازی، قرص سازی، شربت سازی، دستگاه‌های حب بر، کلیشه‌های گوناگون مورد استفاده برای چاپ و برچسب‌های داروها در دواخانه نظامی به نمایش درآمده است.
در بخش گیاهان دارویی این موزه هم می‌توان شیشه این گیاهان را مشاهده کرد که مردم چطور با آنها در زمانهای دور درمان می‌شدند.
